水源系统设计，口腔诊所是医疗及照顾病人的场所，所以卫生清洁及感染控制是水资源系统最需要重视的地方。口腔诊所周边的给水排水设施是诊所开设的重要一环。如果水压太低，可能造成机器设备的损伤。另外，相关社区有无一些排污的法规也应了解。
水源系统可分为给水及排水两方面：
1.供水管路系统材质应考虑耐蚀性及耐久性材质为佳。冷水管路以不锈钢管、铜管及PVC塑胶管三种选择使用。热水管路则以不锈钢管或铜管为佳，外围需包扎保温材料。
2.排水管路系统口腔诊所排水管路材料的选择需视废水的种类而定。一般洗手槽排水管、清洗器械排水管、浴室、厨房排水管采用铸铁管、PVC塑料管或PE管均可。若是含有化学制剂的废水，则宜采用抗酸性碱性强的FRP管或PE管作为配管材料。
